Die Vorgängerinstitute des IOS erhielten im Laufe der Jahrzehnte umfangreiche Nachlässe von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern. Da das IOS jedoch kein wissenschaftliches Archiv unterhält, wurde 2017 entschieden, sich von diesen Materialien zu trennen und nur mehr die nachgelassenen Bibliotheken zu behalten. Im Einzelnen gingen aus dem Bestand des ehemaligen Osteuropa-Instituts die Papiere von Otto Böss (1929–1994) und Hans Koch (1894–1959) 2020 an das Bayerische Hauptstaatsarchiv in München. Der dort schon seit 2001 im Bestand „Südost-Institut“ enthaltene umfangreiche Nachlass von Carl Patsch (1865–1945) wird wegen seiner Bedeutung voraussichtlich künftig als eigener Bestand geführt und ist archivalisch bereits bestens erschlossen. Die Papiere von Otto Hoetzsch (1876–1946) sowie der Nachlass von Hedwig Fleischhacker (1906–1978) und Hans Uebersberger (1877–1962) befinden sich seit 2018/19 im Archiv der Humboldt-Universität zu Berlin. Bereits im Jahre 2006 übergab das Südost-Institut den „Coronensia“-Nachlass von Friedrich Wilhelm Stenner (1851–1924) dem Archiv der Honterusgemeinde in Kronstadt.
Weiterhin am IOS befinden sich folgende Nachlässe:
Archiv und Bibliothek von Erik Amburger
Der Historiker und Genealoge Erik Amburger (1907–2001) hinterließ neben einer 100.000 Einträge zählenden Personenkartei knapp 3.000 Stammfolgen sowie eine umfangreiche Bibliothek. Mehr
Bibliothek von Irene Grüning
Irene Grüning (1900–1955) wurde in St. Petersburg geboren und emigrierte nach der Revolution 1917 nach Berlin, wo sie Schülerin von Otto Hoetzsch war. Nach dem Zweiten Weltkrieg lehrte sie an der Universität München. Ihre 1956 vom Osteuropa-Institut (heute Leibniz-Institut für Ost- und Südosteuropaforschung) erworbene Bibliothek umfasst 500 Bände, v. a. zur russischen Geschichte.
Bibliothek von Gerasimos Kaklamanis
Gerasimos Kaklamanis (1940–2003) wurde in Griechenland auf der ionischen Insel Lefkada geboren und verbrachte den größten Teil seines Lebens in Frankreich und Deutschland. Er studierte in Athen und Paris Mathematik, Philosophie und Geschichte. Zeit seines Lebens war er als freiberuflicher Schriftsteller tätig. Sein literarisches Werk besteht aus sieben Büchern in griechischer Sprache. Das Buch „I Anatoliki Mesogeios Os Europaiki Istoria“ (Tomos 1) kann als sein bedeutendstes Werk angesehen werden. Das zentrale Anliegen seiner wissenschaftlichen und politischen Arbeit war es, auf die besondere Bedeutung des Mittelmeerraumes als Brücke zwischen Europa und dem Nahen Osten publizistisch aufmerksam zu machen. Kritisch und analytisch hat er die Wechselbeziehungen in diesem Raum und ihre Folgen für die Weltpolitik in Vergangenheit, Gegenwart und Zukunft hinterfragt. Wie viele der griechischen Intellektuellen verbrachte auch Kaklamanis den größten Teil seines Lebens im Ausland, weil er oft in Opposition zu den herrschenden politischen Verhältnissen seines Heimatlandes stand. Seine schriftstellerische Tätigkeit war auch der Anlass innerhalb von 40 Jahren eine etwa 5.000 Bücher umfassende Privatbibliothek aufzubauen, die sich überwiegend mit der Thematik des Mittelmeerraums befasst. Die Bibliothek besteht zu 60 % aus Büchern in deutscher, zu 30 % in griechischer und zu 10 % in französischer Sprache.
Bibliothek von Hans Koch
Hans Koch (1894–1959) war von 1952 bis 1959 der erste Direktor des Osteuropa-Instituts München. Der aus Lemberg stammende Historiker und Theologe wirkte als Professor in Breslau und Königsberg. Im Zweiten Weltkrieg diente er deutschen Stellen in der heftig umkämpften und von Völkermord gekennzeichneten Ukraine. Seine 1.400 Bände (davon 1.000 Bücher und 400 in Konvoluten gesammelte Broschüren zu allen Regionen Ost- und Südosteuropas) umfassende Bibliothek erwarb das Osteuropa-Institut (heute Leibniz-Institut für Ost- und Südosteuropaforschung) 1960.
Bibliothek von Carl Patsch
Der Gelehrte Carl Patsch (1865–1945) wirkte zunächst in Sarajevo, wo er 1904 das Bosnisch-Herzegowinische Institut für Balkanforschung gründete. Im Jahre 1921 trat er die Nachfolge Konstantin Josef Jirečeks an der Universität Wien an. In seiner 1956 vom Südost-Institut (heute Leibniz-Institut für Ost- und Südosteuropaforschung) erworbenen Bibliothek (1.400 Bände) findet sich v. a. Literatur zu den Gebieten des westlichen Teils der Balkanhalbinsel.
Bibliothek von Franz von Scheiger
Im Jahre 1962 erwarb die Bibliothek des Südost-Institut (heute Leibniz-Institut für Ost- und Südosteuropaforschung) den 500 Bände umfassenden Nachlass des Ingenieurs und Diplomaten Franz von Scheiger (1891–1960). Der Schwerpunkt seiner Sammlung lag auf der Geschichte Albaniens und seiner Nachbarstaaten. Außerdem befindet sich numismatische Literatur darunter.
Bibliothek von Fritz Valjavec
Fritz Valjavec (1909–1960) arbeitete seit 1935 am Südost-Institut, dessen Leiter er von 1955 bis zu seinem Tod war. Er prägte nachhaltig die Geschichte des Südost-Instituts wie auch die Südosteuropaforschung. So gründete er die Südosteuropa-Gesellschaft (SOG) und die Zeitschrift „Südost-Forschungen“. Während des Zweiten Weltkriegs war er in der Bukowina nachrichtendienstlich tätig. In seiner Bibliothek (2.300 Bände) spiegeln sich die Arbeitsgebiete seines Gelehrtenlebens wider. Sie umfasst die Geschichte der Länder der Habsburgermonarchie mit besonderem Schwerpunkt auf deren deutsche Bevölkerungsteile.